L’edificio è costruito probabilmente nel corso del sec. XIII da monache benedettine dipendenti dall’Abbazia di S. Angelo infra hostia. Negli statuti di Santa Anatolia del 1324 è citata la chiesa di Santa Maria Madalena de Ynsula, alla quale il comune stesso elargisce un contributo monetario e di cera ogni anno. La chiesa, demolita quella medioevale, é costruita nel corso della fine sec. XVII. Allo stesso periodo appartiene il coro. Di particolare importanza sono: la cantoria posta sulla controfacciata, realizzata nel sec. XVIII e l’organo attribuito al bolognese Baldassarre Malamini (XVI sec.).